Von Natur aus ist die Buche die Hauptbaumart des Frankenwaldes. Großflächig käme im Frankenwald der Waldmeister-Tannen-Buchenwald (Galioodorati – Fagetum, Hochlagenform) im Wechsel mit dem Hainsimsen-Tannenbuchenwald (Luzulo-Fagetum, Hochlagenform) vor. Weitere natürliche Waldgesellschaften auf kleinerer Fläche wären Schlucht- und Hangmischwälder (Tilio-Acerion), Auenwälder mit Schwarzerle und Esche sowie in den höchsten Lagen der Bergreitgras-Fichtenwald (Calamagrostiovillosae-Piceetum).

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Reste dieser natürlichen Waldgesellschaften sind als Lebensraumtypen in mehreren NATURA 2000-Gebieten kartiert und geschützt:

-          „Täler und Rodungsinseln im Frankenwald mit Geroldsgrüner Forst“ mit 1885 ha

-          „Haderholz“ mit 23 ha

-          „Zeyerner Grund“ mit 203 ha

-          „Steinachtal mit NWR Kühberg“ 90 ha

-          „Selbitz, Muschwitz mit Höllental“, noch ohne Managementplan

Neben den genannten Waldlebensraumtypen sind in diesen Gebieten folgende Tierarten nach Anhang II der FFH-Richtlinie geschützt:

-          Mopsfledermaus

-          Großes Mausohr

-          Steinkrebs

-          Bachneunauge

-          Groppe

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Vielen weiteren - teilweise andernorts bedrohten - Tier- und Pflanzenarten bieten die Wälder wertvollen Lebens- und Rückzugsraum. Bei den Tieren haben sich besonders Schwarzstorch und Gartenschläfer, bei den Pflanzen wohl Mondviole und Waldgeißbart zu echten „Charakterarten“ des Frankenwaldes entwickelt.
Weitere für den Frankenwald typische waldbewohnende Tierarten sind Wildkatze, Tannenhäher, Fichtenkreuzschnabel, Schwarz- und Grauspecht, Waldkauz (Vogel des Jahres 2017), Raufuß- und Sperlingskauz, Feuersalamander, Fadenmolch, Kreuzotter. Der Luchs und der Fischotter wurden in den vergangenen Jahren immer mal wieder beobachtet, sind aber noch nicht wirklich heimisch geworden.
Für den Frankenwald typische waldbewohnende Pflanzenarten sind Zwiebeltragende Zahnwurz, Hasenlattich, Christophskraut, Gelappter Schildfarn, Stacheliger Schildfarn und mehrere Stachelbart-Arten bei den Pilzen.

Die meisten dieser Tier- und Pflanzenarten benötigen als Lebensräume möglichst vielfältige und naturnahe Wälder mit einem hohen Anteil an Biotopbäumen. Den Anteil solcher Wälder im Frankenwald zu erhalten und nach Möglichkeit zu vermehren, ist das Ziel aller Forstleute der Region.

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Für den Staatswald liegen für die beiden Forstbetriebe der Bayerischen Staatsforsten (BaySF) umfangreiche „Regionale Naturschutzkonzepte“ vor: Forstbetrieb Rothenkirchenwww.baysf.de/de/ueber-uns/standorte/forstbetriebe/rothenkirchen/Regionales Naturschutzkonzept.htmlForstbetrieb Nordhalben www.baysf.de/de/ueber-uns/standorte/nordhalben/Regionales Naturschutzkonzept.html

Hier sind Schutzgüter und Schutzziele für über 20.000 Hektar Waldflächen im Frankenwald detailliert beschrieben.

Für den Privatwald werden gleichlautende Ziele auf dem Weg intensiver forstlicher Beratung und durch staatliche Fördermaßnahmen verfolgt.